מול איום המל"טים, במיוחד מל"טים קטנים, גם טכנולוגיית אמצעי הנגד של מל"טים משתפרת במהירות, בין אם בתחום הגנת הגבולות, נגד טרור או בשדות תעופה, סוכנויות ממשלתיות, מקומות חשובים ומקומות אחרים מילאו תפקיד חשוב .
נכון להיום, אמצעי הנגד של המל"ט נוקטים בעיקר בארבע שיטות, שבהן חסימת הפרעות היא האמצעי החשוב ביותר, שיכולות לאלץ את המל"ט לחזור או לנחות אוטומטית על ידי הפרעה לתקשורת או החומרה של המל"ט. שלוש השיטות האחרות הן בקרת הטעיה, לכידת יירוט והרס ישיר.
חסימת הפרעות
(1) הפרעות אלקטרומגנטיות
הפרעה אלקטרומגנטית יכולה למעשה לחסום את התקשורת בין המל"ט לתחנת הבקרה, לנתק את אות השלט הרחוק של המל"ט ואת העברת הנתונים, אות העברת התמונה, כדי להשיג את המטרה של נחיתה כפויה או הרחקת המל"ט. הפרעה אלקטרומגנטית כיוונית או כל כיוונית, מטפלת ביעילות במספר כלי טיס בלתי מאוישים במרחק ההפעלה.
(2) הפרעות אות ניווט
המל"ט משתמש בדרך כלל במערכת הניווט והמיקום הלוויינים על מנת לאתר את עצמו, ויישום של הפרעות אות ניווט עלול לגרום לכך שהמל"ט לא יוכל לאתר במדויק, ובכך להשפיע על מערכת בקרת הטיסה של המל"ט ולהגביל את טיסת המל"ט.
(3) הפרעות אקוסטיות
זוהי צורה יקרה של הפרעה. המל"ט שומר על איזון משלו באמצעות מידע המשוב ומערכת הבקרה של הג'ירוסקופ. הפרעות אקוסטיות עלולות לפלוט גלי קול באותה תדר כמו גלי הקול של הג'ירוסקופ, ולגרום להם להדהד ולגרום לגירוסקופ על הרחפן לא לפעול כראוי.
שליטה בפיתוי
(1) הטעיית אות ניווט
על ידי שליחת אותות לוויין ניווט כוזבים כדי "להערים ולבלבל" את המל"ט, מה שגורם לו לחשוב שהמטרה שלו היא מיקום שגוי שהוגדר מראש על ידי המערכת. מכיוון שאות הניווט הלוויני המתקבל על ידי המל"ט חלש, המערכת זקוקה רק לכוח שידור קטן כדי להשיג את אפקט הפיתוי של המל"ט.
(2) חטיפת אותות רדיו
דרך זו היא תחילה לפצח את פרוטוקול התקשורת של אות המל"ט, ולאחר מכן לשלוח אות בקרה חזק יותר למל"ט, כדי לשלוט על המל"ט.
רכישת יירוט
ליירט את הלכידה מהקרקע או מהאוויר, בעיקר באמצעות ירי רובים ורשתות ירי, או שימוש במל"טים גדולים לתפיסת מל"טים קטנים, בנוסף לאימון נשרים ללכידת מל"טים ולקחתם לאזורים המיועדים לכך.
הרס ישיר
ניתן להשתמש בטילים, נשק לייזר, נשק מיקרוגל וכו' כדי לתקוף מל"טים. עם זאת, לשיטות אלו יש יותר הגבלות והן יובילו לנפילת המל"ט. לכן, שיטת ההרס הישיר מתאימה לשימוש בסביבות פרבריות ופראיות, אך אינה מתאימה לסביבות עירוניות.
